จากพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 มาตรา 22 ส่งผลให้ศูนย์อนามัยสิ่งแวดล้อมเขต 5 จังหวัดนครราชสีมา กระทรวงสาธารณสุข และสํานักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 5 กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม ถูกยุบมารวมเป็นหน่วยงานเดียวกันชื่อว่า  สํานักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 11 สํานักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ตั้งแต่วันที่ 8 พฤศจิกายน 2545

           ตามกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2565 ณ วันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2565 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8 ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 ข้อ 3 ให้แบ่งส่วนราชการกรมควบคุมมลพิษ ดังต่อไปนี้

                    1. สำนักงานเลขนุการกรม
                    2. กองกฎหมาย
                    3. กองจัดการกากของเสียและสารอันตราย
                    4. กองจัดการคุณภาพน้ำ
                    5. กองจัดการคุณภาพอากาศและเสียง
                    6. กองตรวจมลพิษ
                    7. กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
                    8. ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
                    9. ศูนย์ปฏิบัติการวิเคราะห์มลพิษและสิ่งแวดล้อม
                   10. สำนักงานสิ่งแวดล้อมและควบคุมมลพิษที่ 1-16 

                    เหตุผลในการประกาศใช้กฎกระทรวงฉบับนี้ คือ โดยที่มีการตัดโอนสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 - 16 จากสานักงานปลัดกระทรวง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ตลอดจนภารกิจที่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 - 16 มาเป็นของสำนักงานสิ่งแวดล้อมและควบคุมมลพิษที่ 1 - 16 กรมควบคุมมลพิษ สมควรปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการและหน้าที่และอำนาจของกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เพื่อให้สอดคล้องกับภารกิจที่เพิ่มขึ้น และเหมาะสมกับสภาพของงานที่เปลี่ยนแปลงไป อันจะทำให้การปฏิบัติภารกิจตามหน้าที่และอำนาจมีประสิทธิภาพและประสิทธิผลยิ่งขึ้น จึงจำเป็นต้องออกกฎกระทรวงนี้